W kryjówce usytuowanej w podziemiach wielkiego miasta, żółwie odbywają rutynowy trening pod kierunkiem mistrza Splintera. Nagle zostają zaatakowani przez hordę śmiercionośnych robotów. W wyniku zaciekłej walki zapada się dach. Mistrz znika podopiecznym pod zwałami gruzu. Żółwie wyruszają na poszukiwania nauczyciela i tak rozpoczyna się trwająca 15 lat wędrówka pełna niebezpieczeństw, walk i niesamowitych przygód.